医学的トランジションとは、医学的な手法によって、セックスが自身のジェンダー・アイデンティティによりよく沿うように、ないしは自身のセルフイメージに近づくように、トランジションすることです。これには「女性」寄りへの「フェミナイゼーション」、「男性」寄りへの「マスキュリナイゼーション」、そして性的特徴を除去する「ニュートラライゼーション」などがあります。
医学的トランジションは通常医師からの許可ないしは診断を必要とします。これは多くの場合、何らかの性別違和(GD)の診断を受けることを意味します。さらに、ほとんどの医師は社会的トランジションが完了してから一年程度経っていることを求めます。
医学的トランジションに含まれるプロシージャとしては、次のようなものがあげられます：
- 身体違和解消手術／性適合手術／性別アラインメント手術（SRS）:これにはトップ手術とボトム手術などが含まれます
- ホルモン補充療法(HRT)：テストステロン（T）やエストロゲン（E）などの摂取が含まれます。
- 二次性徴ブロッカー／ホルモンブロッカー：思春期のこどもの二次性徴を遅らせます。
- ボイストレーニング
- エピレーション（脱毛）
どこまでの医学的トランジションをするか、またはそもそも医学的トランジションを開始するかは、当事者によって異なります。